A Pannonhalmi Főapátsági Levéltárban található a magyar államiság első századaiból származó oklevelek egyik leggazdagabb, legértékesebb gyűjteménye. A Főapátsági Levéltár iratanyagának első darabja a monostor Szent István királytól származó interpolált kiváltságlevele (1001). Az idők folyamán más apátságok dokumentumai is Pannonhalmára kerültek (Bakonybél, Tihany, stb.), ezért intézményünk őrzi a magyar nyelv legrégibb szórványemlékét, az 1055-ben íródott tihanyi alapítólevelet. A hiteleshelyi levéltár szintén értékes korai anyaggal rendelkezik. Az archívum a 19. század végétől jelentős családi letétekkel (Guary, Chernel, Somogyi, Kende, Erdődy családok) gazdagodott. Örökhagyás címén került Pannonhalmára Stephanie belga királyi hercegnő és férje, Lónyay Elemér herceg iratanyaga.
A levéltár mint nyilvános magánlevéltár gyűjtőkörébe tartozik a Magyar Bencés Kongregáció Pannonhalmi Főapátságnak, valamennyi apátságának és rendházának, a kongregáció függő házainak és a Területi Apátságnak az iratai. Ezek közül kiemelkednek a rendi kormányzat, a főapáti és perjeli hivatalok valamint a nagykáptalan dokumentumai. A gyűjtőterület fontos részét képezik az oktatási intézmények, a gazdasági hivatalok és gazdasági társaságok, valamint a függő házak intézményeinek iratai is. A több mint 200 folyóméter nagyságú iratanyag levéltári egységeit a fond- és állagjegyzék tartalmazza.